С момента провозглашения независимости Приднестровской Молдавской Республики в 1990 году возникла необходимость в создании судебного органа по разрешению экономических споров.

Началом организации на территории Приднестровской Молдавской Республики арбитражного судопроизводства можно считать принятие в 1991 году первой Конституции, статья 109 которой гласила: «Разрешение хозяйственных споров между предприятиями, учреждениями и организациями осуществляется Арбитражным судом Приднестровской Молдавской ССР;.

24 сентября 1991 года Верховный Совет ПМССР приступил к реализации указанной статьи Конституции, приняв Постановление № 76 о назначении на должность Председателя Арбитражного суда Мильмана Ильи Александровича. Одновременно с Мильманом Ильей Александровичем принял присягу и Тарасов Евгений Александрович, который стал первым судьей Арбитражного суда. Именно Тарасовым Евгением Александровичем было рассмотрено первое дело в Арбитражном суде ПМР. 20 января 1992 года иск УПТК стройтреста к ГПТУ-22 о взыскании задолженности был оставлен без удовлетворения, поскольку отсутствовал письменный договор с основными условиями: сроки производства, цена работ и т.д. При вынесении решения суд руководствовался нормами гражданского законодательства МССР.

Необходимо отметить, что в начале существования Арбитражного суда ПМР судьи были вынуждены при разрешении споров опираться на советскую правовую базу. Первый Арбитражный процессуальный кодекс ПМР был принят Верховным Советом ПМР 12 мая 1992 года, а в 1998 году вступил в силу новый Арбитражный процессуальный кодекс, который в значительной степени способствовал демократизации и открытости судебного процесса, дал возможность оптимально адаптировать структуру суда к особенностям нашей республики.

20 ноября 1996 года Верховным Советом Приднестровской Молдавской Республики был принят Конституционный закон Приднестровской Молдавской Республики «Об Арбитражном суде Приднестровской Молдавской Республики», который действовал до принятия нового Закона 26 мая 2009 года.

Арбитражный суд ПМР постоянно совершенствуется: формируется правовая база, необходимая для осуществления правосудия по экономическим спорам. В период с 2006 по 2010 года при непосредственном участии Арбитражного суда ПМР были проведены научные конференции: «Защита прав хозяйствующих субъектов при осуществлении предпринимательской деятельности» (2006 год), «Административное судопроизводство: пути развития, проблемы становления» (2008 год), «Проблемы совершенствования гражданского законодательства» (2010 год). На каждой из конференций выступали юристы мирового уровня, представители судов, научных и образовательных учреждений России и Украины. В 2016 году издан постатейный научно-практический комментарий к Арбитражному процессуальному кодексу Приднестровской Молдавской Республики.

В настоящее время правосудие по экономическим спорам в Приднестровской Молдавской Республике осуществляют 10 судей: 7 судей – в первой инстанции, 3 – в кассационной инстанции.